水城区下辖下辖11个镇、10个乡、9个街道，1个省级经济开发区。
1个省级经济开发区：水城经济开发区
9个街道：双水街道、尖山街道、老鹰山街道、董地街道、新桥街道、以朵街道、海坪街道、红桥街道、石龙街道
10个乡：猴场乡、坪寨乡、杨梅乡、新街乡、野钟乡、果布戛乡、营盘乡、龙场乡、顺场乡、花戛乡
11个镇：玉舍镇、发耳镇、蟠龙镇、阿戛镇、勺米镇、都格镇、鸡场镇、化乐镇、比德镇、米箩镇、陡箐镇
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